「特定口座」と「一般口座」に同一銘柄を保有している場合は、それぞれ別の銘柄として扱われます。 取得価額や譲渡益について各口座別に計算し、「特定口座の源泉徴収なし」と「一般口座」は、確定申告が必要になります。

仮に、特定口座分について確定申告する場合においても、一般口座分を含めて取得価額や譲渡益の再計算はせず、各口座別の損益を単純に合算する方法により申告します。